黑龍江公別拉河自然保護區位于黑龍江省黑河市西南部，地處黑龍江一級支流公別拉河的上游，距黑河市70km，地理坐標為北緯50°00′46″～50°14′14″，東經(jīng)126°23′49″～126°50′22″，保護區包括727林場(chǎng)的興安營(yíng)林區、望江營(yíng)林區和大平林場(chǎng)的母子溝營(yíng)林區與冷川營(yíng)林區等四個(gè)營(yíng)林區的大部分，東西長(cháng)31.6km，南北寬25.0km，面積為47983hm2。

黑龍江公別拉河自然保護區位于小興安嶺東麓北端，其地形地貌組合為波狀丘陵－河床階地－河谷漫灘或波狀丘陵－山麓平坂組合，成因上，前者以剝蝕洪積為主，后者以剝蝕堆積為主。

黑龍江公別拉河自然保護區位于黑龍江省黑河市的西南部，地處小興安嶺與大興安嶺的接合部，屬寒溫帶濕潤季風(fēng)氣候區。全年氣候的特點(diǎn)是：冬季漫長(cháng)，低溫寒冷；春秋短暫，干燥多風(fēng)；夏季多雨，氣候涼爽；無(wú)霜期短，晝夜溫差大；年平均氣溫-1.5℃，極端最高氣溫34.5℃，極端最低氣溫-44.5℃，年平均降水量527.6mm，多集中在6～9月；大風(fēng)、暴雨、霜凍等災害性天氣比較多。

黑龍江公別拉河自然保護區位于小興安嶺東麓北端，與周邊地區或同緯度地區相比，水資源相對豐富，多年平均降水量550～600mm，主要集中在6～9月。

本區地下水屬小興安嶺東麓低山丘陵水文地質(zhì)區。其水文地質(zhì)特征是：基巖裂隙水及第四紀松散物中的潛水都相當發(fā)育；地下水主要補給來(lái)源以大氣降水為主，由于地形平緩，地下水補給較充足。