甘肅簡(jiǎn)牘博物館是在省委省政府領(lǐng)導的親切關(guān)懷下，由甘肅省機構編制委員會(huì )于2012年12月12日批準新設的省文物局下屬的縣級事業(yè)單位。核定事業(yè)編制20名，主要承擔甘肅出土簡(jiǎn)牘的收藏保管、保護修復、整理研究和展示利用等職責。原甘肅簡(jiǎn)牘保護研究中心的職責并入甘肅簡(jiǎn)牘博物館。
1907年和1914年，英籍匈牙利人斯坦因（Marc Aurel Stein 1862—1943）第二、第三次中亞考察,先后在敦煌至酒泉、張掖、額濟納旗一線(xiàn)漢塞烽燧掘獲漢簡(jiǎn)3000余枚，被譽(yù)為上世紀出土文獻的四大發(fā)現之一。1930年至1931年，中瑞西北科學(xué)考查團成員瑞典考古學(xué)家貝格曼在兩漢居延地區發(fā)現漢簡(jiǎn)11000余枚，是當時(shí)中瑞西北科學(xué)考查團的重大收獲。1949年后，又先后發(fā)現武威《儀禮》簡(jiǎn)、醫藥簡(jiǎn)、王杖簡(jiǎn)460多枚，居延新簡(jiǎn)（甲渠候官）8400多枚，肩水金關(guān)漢簡(jiǎn)12000余枚，敦煌馬圈灣漢簡(jiǎn)1200多枚，甘谷漢簡(jiǎn)20多枚，天水放馬灘秦簡(jiǎn)460多枚，懸泉漢簡(jiǎn)23000多枚，水泉子漢簡(jiǎn)600多枚，黃家灣晉簡(jiǎn)30多枚。此外，還有一些零星的吐蕃文、西夏文的木牘。甘肅是漢簡(jiǎn)大省，不僅出土數量多，而且在近世以來(lái)發(fā)現最早，研究歷史最長(cháng)，是研究歷史、文化、絲綢之路、中外關(guān)系、西北邊疆的中外學(xué)者奮力耕耘的重要領(lǐng)域。
甘肅簡(jiǎn)牘整理研究的專(zhuān)門(mén)機構始自1986年。甘肅省博物館和甘肅省文物考古研究所分設后，“漢簡(jiǎn)整研室”是甘肅省文物考古研究所的一個(gè)內設機構。曾先后在此工作過(guò)的同志有：初世賓、薛英群、吳礽驤、何雙全、馬建華、張俊民、張德芳、柴生芳、王元林等。
從2005年開(kāi)始，甘肅簡(jiǎn)牘的保護整理和研究利用問(wèn)題受到省內外社會(huì )各界的強烈關(guān)注，政協(xié)委員、人大代表連年提出提案和建議，希望有關(guān)部門(mén)重視和加強甘肅簡(jiǎn)牘保護利用的力度，充分發(fā)揮甘肅簡(jiǎn)牘作為特色優(yōu)勢文化資源的應有效益。2007年，省編委批準在甘肅省文物考古研究所加掛“甘肅簡(jiǎn)牘保護研究中心”的牌子，增加事業(yè)編制8人，專(zhuān)門(mén)承擔甘肅出土簡(jiǎn)牘的保護整理和研究利用等職責，并在用地用房以及經(jīng)費問(wèn)題上加以支持。
“甘肅簡(jiǎn)牘保護研究中心”成立后，甘肅簡(jiǎn)牘的保護整理研究等各方面工作上了一個(gè)新的臺階。一是開(kāi)始進(jìn)行全面保護，對長(cháng)期浸泡在水里的放馬灘秦簡(jiǎn)進(jìn)行了脫水、脫色、整形、滅菌、加固、封裝等工作，對河西出土的漢簡(jiǎn)已經(jīng)或正在采取有效措施，進(jìn)行科學(xué)保護；整理工作取得很大成績(jì)，初步文字釋讀已全部完成。延滯四十年之久的《肩水金關(guān)漢簡(jiǎn)》陸續出版，現已出版壹、貳、叁三冊，使之進(jìn)入了學(xué)術(shù)研究領(lǐng)域。2014至2015年,全書(shū)五冊將全部出齊。《懸泉漢簡(jiǎn)》的整理釋讀工作也已基本完成，從明年開(kāi)始陸續出版，力爭在幾年之內出版完畢。甘肅簡(jiǎn)牘研究中心還多次組織簡(jiǎn)牘學(xué)專(zhuān)家赴居延、敦煌等漢簡(jiǎn)出土地實(shí)地考察，召開(kāi)了甘肅省第二屆簡(jiǎn)牘學(xué)國際學(xué)術(shù)研討會(huì )、居延遺址和絲綢之路國際學(xué)術(shù)研討會(huì )，出版了專(zhuān)門(mén)的論文集《居延敦煌漢簡(jiǎn)出土遺址實(shí)地考察論文集》、《甘肅省第二屆簡(jiǎn)牘學(xué)國際學(xué)術(shù)研討會(huì )論文集》（均上海古籍出版社2012年版），陸續同西北師大合編《簡(jiǎn)牘學(xué)研究》，并發(fā)表論文近百篇。
隨著(zhù)中共十七屆六中全會(huì )精神的貫徹落實(shí)和甘肅省委省政府“華夏文明傳承創(chuàng )新區”建設戰略的提出，在“甘肅簡(jiǎn)牘保護研究中心”的基礎上成立“甘肅簡(jiǎn)牘博物館”，使簡(jiǎn)牘這一特色文化資源在全省經(jīng)濟文化建設中發(fā)揮更大作用，已成為各級領(lǐng)導和社會(huì )各界的共識。目前，“甘肅簡(jiǎn)牘博物館”的建設已被列入全省“華夏文明傳承創(chuàng )新區”建設的重大項? ??，得到省委省政府的高度重視和國家文物局的大力支持。正在積極開(kāi)展選址、立項、建館和制定保護、整理、研究和展示利用的中長(cháng)期規劃。力爭在三年之內建成一座規劃科學(xué)、設計先進(jìn)、功能齊全的現代化專(zhuān)業(yè)博物館，為甘肅文化建設增添一座標志性建筑。