南澳島是廣東省內唯一的海島縣。位于閩、粵、臺三省交界海面，地理位置優(yōu)越。自古以來，南澳是東南沿海一帶通商的必經泊點和中轉站。南澳城城墻遺址位于南澳縣深澳鎮(zhèn)金山村委會。據(jù)《南澳志》記載，明萬歷四年(1576年)南澳城建成，“坐南朝北，高二丈二尺，厚五尺，圍五百丈，面寬七尺，皆甃以石，壕深八尺。”​2015年12月，南澳城城墻遺址被公布為省級文物保護單位。

清齊翀編《南澳志》記載，明代萬歷三年（1575年）福建巡撫劉堯海上疏“竊思漳、潮之間以海為限，其海洋之南澳，地險而沃，百谷所生，百貨所聚，惟地非分土，事在兩鄰，故往往為賊遁逃藪，而修船制器、市藥裹糧，百無所忌……今欲為兩省久安計，必先治南澳；欲治南澳，必先總事權……商民貿遷，類多奇貨。凡閩船入廣，廣船入閩，皆不能外南澳，即令該總兵批驗，仍委文職一員兼同抽掣，以供該鎮(zhèn)兵費。”同年詔設“閩粵南澳鎮(zhèn)”，置“協(xié)守漳潮等處專駐南澳副總兵”，“受兩省總兵節(jié)制，又制兩省之兵”。南澳設置之初就是由于其在東南沿海海防及往來貿易上的特殊地位。

萬歷四年(1576年)，“深澳金山之陰”南澳城始建，后歷代多經修筑。1918年正月初三，深澳發(fā)生7.25級大地震，南澳城譙樓、窩鋪、垣堞多被破壞。1959年，因南澳建設專區(qū)青年鹽場，城墻全部拆毀。今遺存南澳城城墻殘長約40米，寬4米，城墻內外為條石鋪筑，采用一順一丁干砌而成，中間填土，城墻保留明代條石構筑風格。在城墻內有教師宿舍，城墻外周圍為農田。離城墻約400米為深澳中學。由于年久失修，城墻中間填土流失嚴重，城墻雜草繁生。

從明萬歷三年（1575年）設南澳副總兵，即“協(xié)守漳潮等處駐南澳副總兵”，分廣東、福建兩營，起建南澳城，至1927年南澳縣治遷至隆澳即現(xiàn)后宅鎮(zhèn)，南澳城一直是南澳的政治軍事中心。南澳城城墻遺址的保護和考古工作，對研究明代南澳在經濟、文化、交通、軍事、建筑等方面的發(fā)展具有重要的價值，也是一處佐證南澳自古在東南沿海海防及往來貿易上具有特殊地位的文物單位。

2015年12月10日，南澳古城墻被公布為第八批廣東省文物保護單位。