甘肅太子山國家級自然保護區位于臨夏回族自治州與甘南藏族自治州之間，東南起洮河下游地區，西南與甘南州臨潭、夏河、合作、卓尼四縣（市）及青海省循化縣毗鄰，東北和臨夏州康樂(lè )、和政、臨夏、積石四縣相接。地理位置介于東經(jīng)102°43′～103°42′，北緯35°02′～35°36′之間。東西長(cháng)約100公里，南北寬約10公里。保護區總面積127萬(wàn)畝。

保護區前身為臨夏州太子山總場(chǎng)，建場(chǎng)于1957年；1991年更名為“臨夏回族自治州太子山水源涵養林建設總場(chǎng)”；2001年12月，甘肅省政府決定將太子山林區移交省林業(yè)廳直屬管理，2002年7月，省政府頒發(fā)了林權證；2003年9月，太子山自然保護區管理局掛牌成立；2005年12月，批準為省級自然保護區；2012年1月由國務(wù)院辦公廳確定為國家級自然保護區。

保護局為縣級事業(yè)單位，內設14個(gè)部門(mén)科室,下轄紫溝、東灣、藥水、松鳴巖、新?tīng)I、甲灘、關(guān)灘和槐山子8個(gè)保護站（圃），7站1圃設立了42個(gè)保護段（點(diǎn)）。保護區成立有甘肅省森林公安局太子山分局，為副縣級建制，下轄紫溝、東灣、藥水、新?tīng)I、刁祁5個(gè)林區派出所。保護局實(shí)行局站點(diǎn)三級管理體系,現有職工442人。

保護區屬于自然生態(tài)系統類(lèi)別——森林生態(tài)系統類(lèi)型自然保護區。保護區生物多樣性十分豐富，稀有性顯著(zhù)，據考察，共有維管植物838種，其中稀有瀕危和重點(diǎn)保護植物有桃兒七、紅花綠絨蒿、星葉草等51種；脊椎動(dòng)物208種，包括雪豹、林麝、蘇門(mén)羚等國家重點(diǎn)保護野生動(dòng)物11種，鳥(niǎo)類(lèi)130種，包括胡兀鷲、蒼鷹、藍馬雞等國家重點(diǎn)保護鳥(niǎo)類(lèi)21種；有兩棲爬行動(dòng)物8種，其中兩棲類(lèi)5種，爬行類(lèi)3種；有魚(yú)類(lèi)10種；昆蟲(chóng)682種；有大型真菌61種。物種總數1789種，占甘肅省物種總數3560的50.25%。

保護區屬溫帶大陸性氣候，年平均氣溫5.1℃，無(wú)霜期110天左右，年平均降雨量660毫米。保護區海拔在2200—4636米之間，主要由太子山脈發(fā)源而來(lái)的一系列山峰和溝谷組成，其中海拔超過(guò)4000米以上的山峰有：巴楞山（4080米）、公太子山（4162米）、母太子山（4332米）等。從東向西縱布著(zhù)近30條峽谷，每條山谷間都有河（溪）流流淌:據統計，發(fā)源于保護區的大小河（溪）流近200多條，其中較大的河流有16條。由于境內群峰林立，溪流奔涌，地貌奇特，林海雪原，形成了二郎廟、麻山峽、后東灣、扎子河、藥水峽、松鳴巖、鐵溝、大灣灘、三岔溝、槐樹(shù)關(guān)、關(guān)灘等10多處風(fēng)光各異的森林風(fēng)景區，吸引了省內外游客紛紛前來(lái)休閑度假、觀(guān)光旅游。

長(cháng)期以來(lái)，保護局始終致力于自然保護區保護、管理和發(fā)展，堅持不懈推進(jìn)退耕還林、天然林保護、三北防護林體系等林業(yè)生態(tài)工程建設及國家重點(diǎn)公益林建設，持續恢復擴大森林資源，森林覆蓋率達到32.16%，有林地面積由12萬(wàn)畝增加到36.8萬(wàn)畝，活立木總蓄積由11萬(wàn)立方米增加到36.4萬(wàn)立方米，實(shí)現了森林資源面積和蓄積的雙增長(cháng)。區內生物多樣性也大幅度增加，已造就一片甘肅省中部地區最大的天然林基地。特別突出的是，這片綠色寶地除了穩定地發(fā)揮森林調節氣候、防風(fēng)固沙、減碳貯養等功能外，她所涵養的水源，滿(mǎn)足了藥水、大灣灘、太子山水庫等大型水庫備用水源，在太子山林區埋設的26條飲水管道，供給著(zhù)臨夏州三分之二人民群眾的生活用水和灌溉用水。因此，太子山國家級自然保護區被稱(chēng)為臨夏州乃至甘肅省中部地區的綠色屏障。